El Protocolo comprende seis anexos, que tratan de la evaluación de los efectos sobre el medio ambiente (anexo I), la conservación de la fauna y la flora antárticas (anexo II), la eliminación y el tratamiento de residuos (anexo III), la prevención de la contaminación marina (anexo IV), la protección y ordenación de zonas (anexo V) y la responsabilidad en caso de emergencias ambientales (anexo VI).
ويتضمن البروتوكول ستة مرفقات تتناول تقييم الأثر البيئي (المرفق الأول)، والحفاظ على حيوانات أنتاركتيكا ونباتاتها (المرفق الثاني)، والتخلصمنالنفايات وإدارتها (المرفق الثالث)، ومنع التلوث البحري (المرفق الرابع) وحماية المنطقة وإدارتها (المرفق الخامس)، والمسؤولية الناجمة عن وقوع حالات الطوارئ البيئية (المرفق السادس).